Аймгийн АДХГЗ-ны 1962 оны 02 дугаар сарын 23-ны өдрийн 21 дүгээр тогтоолоор мал аж ахуй, газар тариалан, бэлчээр тэжээл, эдийн засаг гэсэн 3 хэлтэс, боловсон хүчний тасагтай 38 орон тоотой Хэнтий аймгийн Хөдөө аж ахуйн удирдах газар гэсэн нэршилтэйгээр анх байгуулагдсан. Тус газар нь мал аж ахуй, газар тариалан, тооцоо, тоо бүртгэл болон хөдөө аж ахуйн салбарын мэргэжлийн удирдлага, боловсон хүчний асуудлыг бие даан зохион явуулах үүргийг гүйцэтгэж байсан бөгөөд Хөдөө аж ахуйн удирдах газрын харьяанд Мал эмнэлгийн газар, Нэгдэл дундын үйлдвэр, Үр шинжилгээний лаборатори ба туршлага станц, Мах бэлтгэлийн  контор, ХАА-н нэгдэл, Сангийн аж ахуй, Ус цаг уурын станц, Тэжээлийн үйлдвэр, зэрэг хөдөө аж ахуйн үйлдвэр үйлчилгээний газрууд харьяалагдаж байжээ.

Тус газар нь 1967 онд зохих газрын шийдвэрээр татан буугдаж, Сайд нарын зөвлөлийн 1972 оны 06 дугаар сарын 16-ны өдрийн 232 дугаар тогтоолоор дахин 3 хэлтэс, 1 тасагтай 28 орон тоотой байгуулагдаж, 1987 онд Хөдөө аж ахуй, хүнсний үйлдвэрийг удирдах газар болж өөрчлөгдөж, 1990 оны 06 дугаар сарын 15-ны өдрөөс 2002 он хүртэл аймгийн АДХГЗахиргаанд Хөдөө аж ахуй, хүнсний үйлдвэрийн хэлтэс болон өөрчлөгдөн зохион байгууллагдаж үйл ажиллагаагаа явуулж байсан.

Улмаар Засгийн газрын 2000 оны 11 дүгээр сарын 22-ны өдрийн 181 дүгээр тогтоол, Засгийн газрын Хэрэг эрхлэх газрын 2000 оны 12 дугаар сарын 07-ны 1448 тоот зөвлөмжийг үндэслэн Засаг даргын 2002 оны 01 дүгээр сарын 07-ны өдрийн 96 дугаар захирамжаар Аймгийн ЗДТГ-ын дэргэд Хөдөө аж ахуйн газрыг байгуулсан.

 Хүнс, хөдөө аж ахуйн сайдын 2005 оны 03 дугаар тушаал болон Хэнтий аймгийн Засаг даргын 2005 оны 03 дугаар сарын 16-ны өдрийн 49 тоот захирамжаар Хөдөө аж ахуйн газар, Мал эмнэлгийн алба, Мал үржлийн албадыг нэгтгэж Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар болон өөрчлөгдсөн байна.  

Засгийн газрын 2008 оны 67 дугаар тогтоол, аймгийн Засаг даргын 2009 оны 02 дугаар сарын 02-ны өдрийн 26 тоот захирамжаар Хүнс, хөдөө аж ахуй, жижиг дунд үйлдвэрийн газар болж Бодлого зохицуулалтын алба, Мал эмнэлгийн алба,  Мал үржлийн алба гэсэн 3 алба 32 албан хаагчтай, 18  сум 4 тосгонд хөдөө аж ахуй, жижиг, дунд үйлдвэрийн бодлогыг орон нутагт хэрэгжүүлдэг 58 мэргэжилтэн нийт 90 ажилтан, албан хаагчтайгаар үйл ажиллагаагаа явуулж байсан.

Засгийн газрын 2013 оны 415 дугаар тогтоол, Үйлдвэр, хөдөө аж ахуйн сайдын 2013 оны А/170 тоот тушаал, аймгийн Засаг даргын 2014 оны Б/68 тоот захирамжаар Үйлдвэр, хөдөө аж ахуйн газар болж Захиргаа удирдлагын хэлтэс, Үйлдвэр, газар тариалангийн хэлтэс, МАА-н хэлтэс, МЭ-ийн хэлтэс гэсэн 4 хэлтэс 32 орон тоотой ажиллаж байсан.

Засгийн газрын 2015 оны 08 дугаар тогтоол, Хүнс, хөдөө аж ахуйн сайдын 2015 оны А-18 тоот тушаалаар Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар болж Захиргаа удирдлагын хэлтэс, Хүнс, газар тариалангийн хэлтэс, МАА-н хэлтэс, МЭ-ийн хэлтэс гэсэн 4 хэлтэс 32 орон тоотой ажиллаж байгаад аймгийн Засаг даргын 2017 оны А/20 тоот захирамжаар Нийтлэг үйлчилгээ, Үйлдвэрлэл, худалдаа үйлчилгээний алба, Мал эмнэлгийн алба, Мал аж ахуйн алба гэсэн 3 алба 29 албан хаагчтайгаар бүтэц орон тоо өөрчлөгдөн батлагдсан.

Хүнс, хөдөө аж ахуй, хөнгөн үйлдвэрийн сайдын “Аймгуудын Хүнс, хөдөө аж ахуйн газрын бүтэц, орон тоо батлах тухай” 2018 оны 12 дугаар сарын 31-ний өдрийн А/209 дүгээр тушаалын дагуу Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар шинэчлэгдэн зохион байгуулагдаж, 20 хүний орон тоотойгоор үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар нь Захиргаа, аж ахуйн алба, Мал үржлийн алба, Үйлдвэрлэл, худалдаа үйлчилгээний алба гэсэн бүтэцтэйгээр нийт 20 албан хаагчтай үүнээс төрийн захиргааны албан хаагч 13, төрийн үйлчилгээний албан хаагч 7 тус тус ажиллаж байв.

Хүнс, хөдөө аж ахуй, хөнгөн үйлдвэрийн сайдын “Аймгуудын Хүнс, хөдөө аж ахуйн газрын бүтэц, орон тоо батлах тухай” 2021 оны 3 сарын 10-ны А/63 дугаар тушаалын дагуу 22 орон тоотой байхаар батлагдснаас 20 орон тоотойгоор Захиргаа, аж ахуйн алба, Мал үржлийн алба, Үйлдвэрлэл, худалдаа үйлчилгээний албанаас бүрдсэн 3 нэгжтэйгээр ажиллаж, байгаагаас төрийн захиргааны албан хаагч 13, төрийн үйлчилгээний албан хаагч 7 тус тус байна.